De DHK heeft dus tot doel: “de geschiedenis van doopsgezinden en daaraan gerelateerde stromingen in de Nederlanden te onderzoeken en de studie van doopsgezinde geschiedenis te bevorderen.
Zij poogt deze doelstelling te realiseren door in de eerste plaats een jaarboek getiteld Doopsgezinde Bijdragen uit te geven
Daarnaast geeft de DHK (geannoteerde) bronnen uit, zoals de reeksen Manuscripta Mennonitica en de Doperse Stemmen. Met het digitale platform dhkonline wil de DHK een overzicht bieden van bronnenmateriaal, literatuur en bibliografische kennis aan de geïnteresseerde onderzoeker van doopsgezinde geschiedenis.